《闪乱神乐》的故事舞台是一个现在还存在着忍者的世界，政府为了对抗政治家与大企业雇佣的“恶忍”，成立的培养“善忍”的“国立半藏学院”中入学的女生们战斗的故事。主角由五位性格各异的女忍者构成，她们分别是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀，适应了玩家的不同喜好类型。